Kayıklı Su Saati, Filli Su Saati’nden daha sade bir yapıda ve yaklaşık olarak aynı büyüklüktedir. Bu saat de bugün kullandığımız Eşit Saat sistemine göre ölçüm yapmaktadır. Bir kayık maketinin üzerine kurulmuştur. Filli Su Saati’nde filin karnında bulunan “tarcehar” düzeneği bu saatte kayığın içinde bulunmaktadır. Sistemi tarceharın batma hareketi çalıştırmaktadır.

Bu saatte, Filli Su Saati’nde bulunan katip ile yılan ve şahinlerden birer tanesi bulunmaktadır. Çalışma prensibi Filli Su Saati’nin aynısıdır. Tarcehar (tas), altındaki delikten su alarak 1 saat boyunca yavaşça alçalırken katip de yavaşça dönerek dakikaları göstermekte, 1 saatin sonunda tas hızla batarken de şahinin gagasından çıkan bir bronz küre yılanın ağzına düşmekte, yılanın ağırlaşan başı da yavaşça alçalarak küreyi kayıktaki zilin (simbal) üstüne düşürmektedir. Bu sırada katip de yılanın başı da eski yerlerine dönerler. Katip tekrar yavaşça dönerek dakikaları göstermeye başlamakta ve yine 1 saat sonunda aynı hareket tekrarlanmaktadır. Düşmüş olan küreler gündüz veya gecenin sonunda tekrar yerlerine konularak saat kurulmuş olmaktadır.

Saat, Cezeri’nin verdiği bilgilere göre çizildiğinde veya yapıldığında yüksekliği 161 cm olmaktadır.